Hijo natural de Luisa de Velasco y de Bernardo de Balbuena. Su progenitor tenía propiedades en la Nueva Galicia y partió rumbo al nuevo mundo en 1564.
En 1584 solicitó licencia para viajar a la ciudad de México. Llegó a Nueva España, donde estudió artes, teología y fue ordenado eclesiástico.
En 1585 se radicó en la ciudad de Guadalajara y en 1592 fue nombrado capellán de la Real Audiencia de Nueva Galicia y cura de las minas del Espíritu Santo y partido de San Pedro Lagunillas, donde residió hasta 1603. Entre 1610 y 1619 fue abad de Jamaica. En 1620 fue nombrado obispo de Puerto Rico, creando una excelente biblioteca que perdió tras el ataque del holandés Balduino Enrico a la ciudad.
Autor de: Siglo de oro en las selvas de Erífile (1608), El Bernardo o victoria de Roncesvalles (Madrid, 1624), La Grandeza mexicana (1604) y una larga carta en tercetos endecasílabos dedicada a doña Isabel de Tobar y Guzmán, donde describe la ciudad de México.
Bernardo de Balbuena falleció el 11 de octubre de 1627 en San Juan de Puerto Rico.
Perdido ando, señora, entre la gente
sin vos, sin mí, sin ser, sin Dios, sin vida:
sin vos porque de mí no sois servida,
sin mí porque del ser estando ausente
no hay cosa que del ser no me despida;
sin Dios porque mi alma a Dios olvida
por contemplar en vos continuamente;
sin vida porque ausente de su alma
nadie vive, y si ya no estoy difunto
es en fe de esperar vuestra venida
¡Oh bellos ojos, luz preciosa y alma,
volved a mirarme, volveréisme al punto
a vos, a mí, a mi ser, mi dios, mi vida!
